箱館戦争で殉難した政府軍兵士を祀る招魂社として創建され、のちに函館護國神社と改称。
箱館戦争から太平洋戦争に至る北海道南部の戦没者を祀っているます。
新政府軍は同月21日に大森浜で戦死者の招魂祭を行った。
そして、室蘭から函館に移送された旧幕府軍捕虜の一部を使役して函館山麓に招魂場を造らせたのがはじまりである。
その後「函館招魂社」と呼ばれ、1939年（昭和14年）に函館護国神社に改名および指定護国神社となり、
函館連隊区を崇敬区域とした。
第二次大戦後の1946年（昭和21年）、GHQに配慮して名称を「潮見丘神社」に変更したが、1955年（昭和30年）に函館護国神社に戻している。
近年は、縁結びにご利益があると謳っている
